目前日本主要存在以下幾個問題：
產業空洞化：1980年代以后，由于日元升值引發人力成本提高，許多工廠遷移到海外，導致產業空洞化現象。近幾年，一些企業在日本設立研發中心和生產據點，以防止技術外流和保持競爭力。不少人提倡將企業遷回日本。金融效率低下，泡沫經濟期間由于融資過剩而后續實際抵押品（房產和土地）價值遽減。銀行因此負擔巨大不良債權至今。
創業困難：比起歐美在日本創業較難，要探究原因，許多人會舉出因為在日本只能向金融機關借錢。沒有創業經驗的人要向金融機關借錢相當難，即使借到錢，利率也很高，萬一創業失敗就必需背負大量負債。針對這問題，日本政府于2004年修改法令，建立起一元也可以創業及種種經營支援的體制，但是效果還是未知數。
貧富差距：資本主義常見問題日本社會也發生；由原來以中產階級為社會主流，轉變為富裕與貧窮兩個極端。大前研一所著M型社會一書探討日本此種怪現象，可能來自于全球化和產業升級結構，越中下層的人越遭到沖擊，而富人階級卻沒有遭到沖擊甚至因而獲利，導致階級拉大，衍生出價值觀崩壞和職場倫理瓦解等文化現象。
首都過密與地方過疏：由于工業，特別是出口貿易的高速成長。人口逐漸從農村流入到城市，特別是首都圈。產生了人口過疏的現象，而城市則出現人口過密。為此，日本建設了全國高速路網，在地方興建醫院和學校等公共設施。持續的大規模公共建設扭轉了地方的衰退局面。
公共債務龐大：日本公債自2006年達八百三十二兆日圓（約七兆美元），約為GDP170%，北海道夕張市亦成為日本首個地方都市因過度擴張支出而宣布破產的政府機關。而近幾年，日本國家債務一直呈現出一個有增無減的態勢。從2014年債務余額的1143萬億日元道2015年，日本成為全球十大政府債務最高國，債務余額高達1104萬億日元。
勞動環境：而日本引以為傲的沿革性職場倫理和終身雇用制，隨著泡沫經濟和M型現象而崩潰，類似打零工的“派遣人力”也應運而生。雖然日本有亞洲相對完善的勞工退休計劃，但是勞動環境持續惡化至今也是不爭的事實。
而近幾年來，日本的股市行情和日經指數呈現出一個不穩定的態勢，波動較大。在2015年的3月13日，東京股市日經指數13日收盤上漲263.14點，報19254.25點，約14年11個月來首次收于19000點上方。但在今年的1月12日，受原油價格持續走跌，進一步打擊投資者的風險承受能力，日本股市下跌。日經指數大盤下挫2.7%，報17218.96，創近一年的最低點。而在今年的4月28日，日本股市日經225指數又出現下跌趨勢，報點16768.52，跌幅3.02%。從上面波動的日經指數看，日本經濟還處在一個非常不穩定的狀態，日本的滯脹現象還將持續。
產業外遷，國內經濟空心化：從20世紀80年代后期的經濟泡沫之后，日本大批企業開始走出國門，在海外快速發展。在1991—1995年，日元的大幅升值極大地影響了日本的出口業，出口的大幅衰退，使日本企業不得不尋求新的發展空間。而且在日元升值的背景下，海外資產的相對低價也給了日本國內投資者投資海外的難得機遇。日本政府開始制定了一系列支持日本企業走出去的戰略。在2014年，日本對外凈資產總規高達367萬億日元，同期日本現價GDP的規模為487萬億日元，而其對外凈資產總規模超過GDP的75%。其中，以日本跨國企業為主體的私人部門在對外凈資產中占比高達80%，占據絕對的主體地位。
雖然日本跨國制造企業大量發展，對外資產極其雄厚，但背后卻隱藏著巨大的隱患。當一個國家一半以上的產業公司都出現了外遷現象，會導致其經濟空心化。而在產業“空心化”的大趨勢下，就算是采取法人減稅的政策也不一定會促進企業投資回流。
